31 stations font l'objet d'échantillonnage benthique en zone subtidale et intertidale selon un gradient de présence d'herbier à zostera noltii. Les cartes sont réalisées en avril et en septembre.

Les consommateurs primaires de la macrofaune benthique ont été prélevés à trois saisons (avril, septembre 2009 et février 2010) et sur les 31 stations benthiques considérées dans la fiche "Cartographie de la matière organique particulaire benthique dans le Bassin d'Arcachon". Le zooplancton a été prélevé aux mêmes dates sur les 4 stations pélagiques de suivi interne au bassin. Des analyses isotopiques et biochimiques sont réalisées sur ces consommateurs primaires.

La signature isotopique et biochimique des différents producteurs primaires du Bassin d'Arcachon et de son bassin versant est analysée. Les producteurs primaires ont été prélevés sur les 19 stations intertidales considérées dans la fiche de métadonnées:"Cartographie de la matière organique particulaire benthique dans le Bassin d'Arcachon".

L’étude avait pour but de connaître la signature élémentaire et isotopique des différentes sources potentielles de la Matière Organique Particulaire (MOP) du bassin d’Arcachon. Pour ceci a été analysée la MOP du bassin ainsi que ses sources potentielles (les macro-algues, les végétaux supérieurs, les sédiments et les sols des différentes stations de prélèvement). La contribution de chacune de ces sources a ainsi été quantifiée.

L'origine de la matière organique particulaire (MOP) et le réseau trophique pélagiques et benthiques ont été étudié à l'aide d'analyses élémentaires et isotopiques. Les principales sources de MOP soutenant l'activité biologique ont été déterminées.

La relation hôte-parasite a été étudiée sous l'angle isotopique pour 4 systèmes: -Cerastoderma edule-Labratrema minimus -Cerastoderma edule-Monorchis parvus -Nassarius reticulatus-Lepocreadiidae -Nassarius reticulatus-Zoogonidae Il s'avère que la présence d'un parasite n'engendre pas ou peu de modifications de la signature isotopique des hôtes. Le fractionnement isotopique entre hôte et parasite est très éloigné de celui classiquement reporté pour le système proies-prédateurs.

Depuis septembre 2007, un programme de recherche est en cours sur le cycle du carbone dans le bassin d’Arcachon. Une des différentes actions menées dans ce projet consiste à comprendre et quantifier les flux de carbone organique et inorganique transportés par les rivières alimentant la lagune. Ce point a fait l’objet d’un échantillonnage bi-mensuel depuis entre février 2008 et février 2009. L’objectif est aussi de comparer le flux de carbone biogénique exporté par la nappe phréatique plioquaternaire dans le bassin versant Leyre-Arcachon avec la production primaire forestière du bassin versant et aquatique du Bassin d’Arcachon lui-même.

Un échantillonnage bi-mensuel, à la station G, de la colonne d'eau (à pleine mer, en surface) est effectué afin de déterminer la qualité et l'origine de la matière organique particulaire. Cet échantillonnage est effectué en supplément de celui réalisé dans le cadre du SOMLIT (Service d'Observation en Milieu LITtoral) aux stations Bouée 13, Tès et Comprian.

Un échantillonnage mensuel du sédiment aux stations Graouères et Comprian (intertidal herbier et intertidal sédiment nu à chaque station) est effectué afin de mesurer les signatures élémentaires et isotopiques du microphytobenthos.

Un échantillonnage mensuel, de la colonne d'eau (en surface) de la Leyre au pont de Lamothe, est effectué afin de mesurer la variation de la qualité de la matière organique particulaire d'origine continentale.