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Distribution de Vibrio penaeicida identifié par multiplex PCR lors d'épisodes de mortalité signalés sur les fermes de L. stylirostris dans le cadre du réseau d'épidémio-vigilance de Nouvelle-Calédonie
Simple
- Date ( Creation )
- 2012-03-30
- Date ( Publication )
- 2012-03-30
- Date ( Revision )
- 2016-03-02T15:00:00
- Identifier
- IFR_NEW_CAL_VIBRIO_NIGRI_HP
- Identifier
- DOI:10.12770/09d130ca-8b5c-4410-8956-e8c2ffc8f5eb
- Purpose
-
Deux syndromes récurrents menacent la viabilité des élevages de crevettes en Nouvelle-Calédonie. Les méthodes de diagnostic microbiologique ne permettant pas de discriminer la virulence des souches de V. nigripulchritudo, une méthode d'analyse par Multiplex PCR a été développée afin de détecter simultanément les deux pathogènes (V. nigripulchritudo et V. penaeicida) et de déterminer leur pathogénicité. Cette étude a été menée sur des échantillons prélevés entre 2008 et 2010 sur 10 fermes d'élevage localisées sur cette carte.
La carte a été mise à jour en mars 2016 afin d'évaluer la répartition géographique et temporelle des vibrio pathogènes.
- Credit
- Ifremer : Y. Labreuche, L. Pallandre, D. Ansquer, J. Herlin, B. Wapotro, F. Leroux pour l'étude initiale (2007-2010)
- Credit
- Ifremer : V. Boulo, D. Ansquer pour la mise à jour 2011-2015
- Credit
- Centre Technique Aquacole - Adecal : pour les prélèvements 2011-2015
- Status
- On going
- Maintenance and update frequency
- As needed
- Thèmes Sextant ( Theme )
-
- /Activités humaines/Activités scientifiques
- GEMET - INSPIRE themes, version 1.0 ( Theme )
-
- Installations agricoles et aquacoles
- Keywords ( Discipline )
-
- pathologie
- épidémiologie
- Vibrio penaeicida
- Keywords ( Place )
-
- NewCaledonia
- Keywords ( Theme )
-
- biologie marine
- organisme pathogène
- Access constraints
- Copyright
- Access constraints
- Other restrictions
- Use constraints
- Restricted
- Other constraints
- Obligation de citation : Labreuche et al. 2011. "Pathotyping of Vibrio Isolates by Multiplex PCR Reveals a Risk of Virulent Strain Spreading in New Caledonian Shrimp Farms". Microb Ecol (2012) 63:127-138
- Use limitation
- Utilisation pour la recherche uniquement
- Spatial representation type
- Vector
- Denominator
- 50000
- Metadata language
- fr
- Character set
- UTF8
- Topic category
-
- Biota
- Begin date
- 2007-01-01
- End date
- 2015-12-31
))
- Reference system identifier
- EPSG / RGNC91-93 / Lambert New Caledonia (EPSG:3163) / 7.9
- Topology level
- Geometry only
- Geometric object type
- Point
- Geometric object count
- 16
- Distribution format
-
-
ESRI Shapefile
(
10.1
)
-
ESRI Shapefile
(
10.1
)
- OnLine resource
-
IFR_NEW_CAL_VIBRIO_PATHOTYP_PENAE_2007_2015
(
OGC:WMS
)
Lien WMS
- OnLine resource
-
IFR_NEW_CAL_VIBRIO_PATHOTYP_PENAE_2007_2015
(
OGC:WFS
)
Lien WFS
- Protocol
- FILE
- Name
- IFR_NEW_CAL_VIBRIO_PATHOTYP_PENAE_2007_2015
- Description
- Lien Téléchargement
- OnLine resource
-
Pathotyping of Vibrio Isolates by Multiplex PCR Reveals a Risk of Virulent Strain Spreading in New Caledonian Shrimp Farms
(
WWW:LINK
)
Publication scientifique présentant la méthode d'analyse Multiplex PCR, disponible sur archimer.ifremer.fr
- Hierarchy level
- Dataset
Conformance result
- Date ( Creation )
- 2012-01-16
- Explanation
- Non évalué
- Pass
- No
- Statement
-
Données obtenues lors d'analyses par Multiplex PCR suite à des épisodes de mortalité signalés sur les sites d'élevage de L. stylirostris dans le cadre du REC.
Une première version de la donnée créée le 20/01/2012 était disponible dans Sextant, avec l'ensemble des souches isolées, dates de prélèvements,etc.
Pour faciliter la lecture, ces informations ont été synthétisées dans cette nouvelle donnée, avec une colonne par année et la codification suivante :
D : détecté
ND : non détecté
NR : non recherché
Les histogrammes sont à lire de bas en haut pour les années 2007 à 2015.
Concernant la méthode d'analyse, il est important de préciser que pour l'espèce V.nigripulchritudo, la méthode utilisée permet de distinguer de façon spécifique les souches type "syndrome d'été" présentant un pathotype moyennement pathogène (MP) et celles de pathotype hautement pathogène (HP).
Par contre, cette technique ne permet pas de différencier les souches non pathogènes et les souches pathogènes "hors syndrome d'été", définies ici comme Non Typées (NT).
Enfin, les cultures bactériennes, réalisées par le CTA dans le cadre du REC, ne sont pas systématiquement analysées en multiplex PCR.
- File identifier
- 09d130ca-8b5c-4410-8956-e8c2ffc8f5eb XML
- Metadata language
- fr
- Character set
- UTF8
- Hierarchy level
- Dataset
- Date stamp
- 2020-06-04T01:12:48
- Metadata standard name
- ISO 19115:2003/19139 - SEXTANT
- Metadata standard version
- 1.0
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