Trois complexes récifaux sont échantillonnées: Maharani à Saint-Paul, Colimaçons à Saint-Leu et le complexe récifal de Saint-Pierre. Chaque station est échantillonnée par cinq points fixes. Un point fixe équivaut à une surface de 100 m², cinq points fixes correspondent à une surface d’échantillonnage de 500 m2 par station. Cinq points fixes circulaires de 5,65 m de rayon, sont réalisés sur substrats durs et espacés d’au moins 20 mètres permettent l’échantillonnage de l’ensemble des indicateurs benthiques. Chaque point fixe est géolocalisé à l’aide d’un GPS. Pour se repérer, un décamètre a été déroulé jusqu’à 5,65 m (π x 5,65² = 100 m²).

Parmi les 8 indicateurs benthiques présentés ici, 4 permettent le calcul de l'indicateur "état de santé" et les 4 autres permettent de calculer l'indicateur "état structurel.

Pour chaque station les indicateurs sont notés sur un score de 3 en fonction de plusieurs critères, puis une extrapolation surfacique est réalisée selon un modèle de krigeage ordinaire dont les paramètres en entrée sont définis après réalisation de semi-variogramme.