/Biologie marine/Bivalves
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Réseau de surveillance des phycotoxines dans les organismes marins (REPHYTOX) assure des prélèvements de coquillages dans un réseau de lieux de prélèvement répartis sur l’ensemble du littoral (environ 250 lieux potentiellement mobilisables). Les lieux de prélèvement REPHYTOX peuvent être communs avec des lieux REPHY. Les prélèvements peuvent concerner divers types de coquillages, en gisements naturels ou bien élevés selon des modes variés (bouchots, filières, tables, etc.). En tout état de cause, l’association entre lieux REPHYTOX et un certain nombre de lieux REPHY est étroite, les résultats REPHY pouvant déterminer le déclenchement de la recherche de toxines sur les lieux REPHYTOX de la zone. Ce jeu présente plusieurs fichiers de paramètres mesurés pour des types de toxines distincts entre 2006 et 2016 sur les lieux de surveillance : toxines amnésiantes (REPHYTOX-ASP) ; toxines paralysantes (REPHYTOX-PSP) ; et toxines lipophiles (REPHYTOX_LIP_AC et BE) avec les résultats des bio-essais (BE) et analyses chimiques (AC depuis 2010). A chaque paramètre de concentration mesuré sont associés le lieu de prélevement de l'échantillon, la date, le support, la fraction et la méthode utilisée.
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National network for monitoring the health status of shellfish populations in natural beds or in shellfish growing areas. It performs a regulatory role and a public service activity delegated by the Ministry of Agriculture and Fisheries through the DGAL (General Directorate for Food).
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Created in 2015, it follows on from the RESCO launched in 2009, and REMORa launched in 1993. In 2015, the structure and operation of the former RESCO network was used to implement planned monitoring of oysters. More specifically, the sentinel batches used by the network, representing 3 age classes (6 months, 18 months of the previous year and 30 months of the previous year) are monitored regularly (frequency: bi-monthly or monthly). throughout the year at 12 national sites (corresponding to former RESCO sites). At each passage, counts are made to assess the mortality rate, and different types of laboratory diagnostic tests will be performed: - initially, the new spat batches (Ifremer Standardized Spats) will undergo specific PCR analyzes to search for potentially present infectious agents (OsHV-1 and Vibrio aestuarianus) but also non-specific analyzes (histology, classical bacteriology) for the possible detection of other pathogenis agents ; - for the detection of emerging diseases, the first dying batches detected for each age group, for each site, will undergo specific laboratory (OsHV-1 and Vibrio aestuarianus PCR) and non-specific (histology) diagnostic tests in order to detect as early as possible emerging diseases in these sentinel batches; - for the detection of exotic diseases, in the absence of a hierarchy of exotic diseases being available for oysters, it was decided to monitor the parasite Mikrocytos mackini because infection with this parasite is regulated at European level, on one of the RESCOII sites (Loix en Ré) previously identified as a site at risk with respect to the introduction of this parasite. In addition to these mortality follow-ups and the laboratory diagnoses, each site is equipped with a probe to allow it to gather environmental parameters (temperature, pressure, salinity) at high frequency. The various results are stored in the Quadrige² database, and are available for the various actors involved. The network is closely linked to a dedicated website which allows the dissemination of objectives, protocols and results, and which will be updated every month. In parallel, newsletters summarizing the results obtained are sent by e-mail every month to the State services.
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Volet de réseau national REMI (Réseau de Contrôle Microbiologique), anciennement REMIC jusqu'en avril 2011. Ces données concernent la surveillance microbiologique régulière des zones de production conchylicoles afin de vérifier que le niveau de contamination, sur la base du dénombrement des Escherichia coli, reste conforme au classement (A, B et C) défini dans les arrêtés préfectoraux.
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Le produit Surval « Données par paramètre » met à disposition les données d'observation et de surveillance bancarisées dans Quadrige pour le thème "Ressources aquacoles". Quadrige bancarise des données de description de l’environnement marin et de la ressource conchylicole (hydrologie, chimie, biologie, déchets…). Ce SI est le système d’information de référence sur les eaux littorales du Système d’Information sur l’Eau (SIE). Son domaine d’activité s’ouvre aux données marines pour le Système d’Information sur le Milieu Marin (SIMM). Pour cela, les référentiels Quadrige s’appuient sur les référentiels nationaux du Service d’Administration Nationale des Données et Référentiels sur l’Eau (SANDRE) ainsi que sur ceux du Service d’Administration des Référentiels marins (SAR). La diffusion Surval comprend toutes les données qui sont validées dans le système d'information à l'exception des données qualifiées à "Fausses" et de quelques données sous moratoire. La publication des informations est journalière, une modification dans la base de donnée est donc disponible le lendemain. L'accès aux données d'observation se réalise par lieu. Un lieu de surveillance est un lieu géographique où des observations, des mesures et/ou des prélèvements sont rattachés. Il est décrit de façon unique par son emprise cartographique (surface, ligne ou point). Un lieu de mesure peut être utilisé par plusieurs programmes. Les coordonnées d'acquisition d'une information peuvent être précisées. Les données disponibles concernent les suivis du thème RESSOURCES AQUACOLES (rendements, croissance, survie, mortalité, indices de qualité) des mollusques marins. Elles correspondent aux données bancarisées dans Quadrige. Les programmes de surveillance mis en place œuvrent conjointement dans le but d’observer le cycle de vie des mollusques marins sauvages et d’élevage et de détecter les suspicions d’infection par des organismes pathogènes. La thématique met à disposition des données à partir de 1973 sur des lieux ponctuels et surfaciques. L'emprise géographique concerne la métropole.
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Le produit Surval « Données par paramètre » met à disposition les données d'observation et de surveillance bancarisées dans Quadrige pour le thème "Contaminants chimiques et Écotoxicologie ". Quadrige bancarise des données de description de l’environnement marin et de la ressource conchylicole (hydrologie, chimie, biologie, déchets…). Ce SI est le système d’information de référence sur les eaux littorales du Système d’Information sur l’Eau (SIE). Son domaine d’activité s’ouvre aux données marines pour le Système d’Information sur le Milieu Marin (SIMM). Pour cela, les référentiels Quadrige s’appuient sur les référentiels nationaux du Service d’Administration Nationale des Données et Référentiels sur l’Eau (SANDRE) ainsi que sur ceux du Service d’Administration des Référentiels marins (SAR). La diffusion Surval comprend toutes les données qui sont validées dans le système d'information à l'exception des données qualifiées à "Fausses" et de quelques données sous moratoire. La publication des informations est journalière, une modification dans la base de donnée est donc disponible le lendemain. L'accès aux données d'observation se réalise par lieu. Un lieu de surveillance est un lieu géographique où des observations, des mesures et/ou des prélèvements sont rattachés. Il est décrit de façon unique par son emprise cartographique (surface, ligne ou point). Un lieu de mesure peut être utilisé par plusieurs programmes. Les coordonnées d'acquisition d'une information peuvent être précisées. Les données disponibles concernent les suivis du thème CONTAMINANTS CHIMIQUES dans différentes matrices (eau, biote et sédiment). Elles correspondent aux données bancarisées dans Quadrige. Les programmes de surveillance mis en place sont nombreux et œuvrent conjointement dans le but de maintenir et restaurer la qualité de l’environnement marin. La thématique met à disposition des données à partir de 1975 sur des lieux ponctuels et surfaciques. L'emprise géographique est nationale : la métropole et les départements et régions d'outre-mer (DROM).
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Le produit Surval « Données par paramètre » met à disposition les données d'observation et de surveillance bancarisées dans Quadrige pour le thème "Microbiologie". Quadrige bancarise des données de description de l’environnement marin et de la ressource conchylicole (hydrologie, chimie, biologie, déchets…). Ce SI est le système d’information de référence sur les eaux littorales du Système d’Information sur l’Eau (SIE). Son domaine d’activité s’ouvre aux données marines pour le Système d’Information sur le Milieu Marin (SIMM). Pour cela, les référentiels Quadrige s’appuient sur les référentiels nationaux du Service d’Administration Nationale des Données et Référentiels sur l’Eau (SANDRE) ainsi que sur ceux du Service d’Administration des Référentiels marins (SAR). La diffusion Surval comprend toutes les données qui sont validées dans le système d'information à l'exception des données qualifiées à "Fausses" et de quelques données sous moratoire. La publication des informations est journalière, une modification dans la base de donnée est donc disponible le lendemain. L'accès aux données d'observation se réalise par lieu. Un lieu de surveillance est un lieu géographique où des observations, des mesures et/ou des prélèvements sont rattachés. Il est décrit de façon unique par son emprise cartographique (surface, ligne ou point). Un lieu de mesure peut être utilisé par plusieurs programmes. Les coordonnées d'acquisition d'une information peuvent être précisées. Les données disponibles concernent les suivis du thème MICROBIOLOGIE dans les eaux côtières et les coquillages. Elles correspondent aux données bancarisées dans Quadrige. Les programmes de surveillance mis en place œuvrent conjointement dans le but d’estimer et de suivre l’évolution des niveaux de contamination ainsi que de détecter les épisodes inhabituels de contamination. La thématique met à disposition des données à partir de 1987 sur des lieux ponctuels et surfaciques. L'emprise géographique concerne la métropole.
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Le produit Surval « Données par paramètre » met à disposition les données d'observation et de surveillance bancarisées dans Quadrige pour le thème "Autres". Ces données correspondent aux données qui n’entrent pas dans les 7 autres thèmes (benthos dont récifs coralliens, contaminants chimiques et écotoxicologie, déchets, microbiologie, phytoplancton et hydrologie, ressources aquacoles et zooplancton). Quadrige bancarise des données de description de l’environnement marin et de la ressource conchylicole (hydrologie, chimie, biologie, déchets…). Ce SI est le système d’information de référence sur les eaux littorales du Système d’Information sur l’Eau (SIE). Son domaine d’activité s’ouvre aux données marines pour le Système d’Information sur le Milieu Marin (SIMM). Pour cela, les référentiels Quadrige s’appuient sur les référentiels nationaux du Service d’Administration Nationale des Données et Référentiels sur l’Eau (SANDRE) ainsi que sur ceux du Service d’Administration des Référentiels marins (SAR). La diffusion Surval comprend toutes les données qui sont validées dans le système d'information à l'exception des données qualifiées à "Fausses" et de quelques données sous moratoire. La publication des informations est journalière, une modification dans la base de donnée est donc disponible le lendemain. L'accès aux données d'observation se réalise par lieu. Un lieu de surveillance est un lieu géographique où des observations, des mesures et/ou des prélèvements sont rattachés. Il est décrit de façon unique par son emprise cartographique (surface, ligne ou point). Un lieu de mesure peut être utilisé par plusieurs programmes. Les coordonnées d'acquisition d'une information peuvent être précisées. Les données disponibles concernent les suivis du thème AUTRES. Il s’agit des paramètres associés à plusieurs suivis et à plusieurs autres groupes de paramètres (études d’impact, surveillance benthos/herbiers et chimie…). Elles correspondent aux données bancarisées dans Quadrige. La thématique met à disposition des données à partir de 2005 sur des lieux ponctuels et surfaciques. L'emprise géographique est nationale : la métropole et les départements et régions d'outre-mer (DROM).
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Le produit Surval "Données par paramètre" met à disposition les données d'observation et de surveillance bancarisées dans Quadrige, validées et qui ne sont pas sous moratoire. Ce système d'information contient des résultats sur la plupart des paramètres physiques, chimiques et biologiques de description de l'environnement. Les premières données datent par exemple de 1974 pour les paramètres de la qualité générale des eaux et les contaminants, 1987 pour le phytoplancton et les phycotoxines, 1989 pour la microbiologie, du début des années 2000 pour le benthos. Les données sous moratoire ou les données qualifiées "Faux" sont exclus de la diffusion Surval. Une donnée validée dans Quadrige aujourd’hui sera disponible dans Surval demain. L'accès aux données d'observation se fait par lieu. Un lieu de surveillance est un lieu géographique où des observations, des mesures et/ou des prélèvements sont effectués. Il est localisé de façon unique par son emprise cartographique (surface, ligne ou point). Un lieu de mesure peut être utilisé par plusieurs programmes d'observation et de surveillance. A compter du 29 avril 2021, conformément aux obligations de l’ « Open data », toutes les données validées sans moratoire sont diffusées à J+1 et sans traitement. Ainsi tous les paramètres et tous les programmes Quadrige sont diffusés, et regroupés sous forme de thème : - Benthos dont récifs coralliens - Contaminants chimiques et Écotoxicologie - Déchets - Microbiologie - Phytoplancton et Hydrologie - Ressources aquacoles - Zooplancton - Autres Un thème regroupe un ou plusieurs programmes d'acquisition. Un programme correspond à une mise en œuvre d'un protocole, sur une période et un ensemble de lieux. Chaque programme est placé sous la responsabilité d'un animateur. Pour accompagner le résultat, de nombreuses données sont diffusées (téléchargeables en tant que données d’observation), comme : - la description complète du « Paramètre-Support-Fraction-Méthode-Unité »; - la description complète des « Passages », « Prélèvements » et « Échantillons »; - le niveau de qualification du résultat; - une proposition de citation, afin d’identifier tous les organismes contribuant à cette observation. L'emprise géographique est nationale : la métropole et les départements et régions d'outre-mer (DROM). L'accès au téléchargement direct du jeu de données complet (~ 220 Mo) s'effectue par ce lien : https://sextant.ifremer.fr/documentation/surveillance_littorale/surval/data/surval.zip L'accès par la carte permet de configurer des extractions et des graphes de visualisation sur demande (email demandé pour le téléchargement). Pour en savoir plus : le vocabulaire employé sur ce site et dans les fichiers extraits est explicité dans des documents comme le dictionnaire et le manuel saisie Quadrige² ; les thématiques sont plus détaillées dans les consignes thématiques au utilisateurs. https://wwz.ifremer.fr/quadrige2_support/Mon-support-Quadrige/Je-consulte-les-manuels
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The definitive coastal information system, Quadrige stores coastal observation and monitoring network data. In order to manage coastal monitoring data, Ifremer developed the Quadrige² information system. Quadrige is one element of the Water Information System (SIE) http:// www.eaufrance.fr, et à ce titre, contribue aux travaux du Secrétariat d'Administration National des Données Relatives à l'Eau (SANDRE) http://www.sandre.eaufrance.fr. Quadrige Marine Zones is a reference source unique to the Quadrige system. It is used to break down the coast of the French mainland and overseas territories into large areas and to connect each one with observation and monitoring locations.