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Distribution de Vibrio penaeicida identifié par multiplex PCR lors d'épisodes de mortalité signalés sur les fermes de L. stylirostris dans le cadre du réseau d'épidémio-vigilance de Nouvelle-Calédonie
Simple
- Date ( Création )
- 2012-03-30
- Date ( Publication )
- 2012-03-30
- Date ( Révision )
- 2016-03-02T15:00:00
- Identificateur
- IFR_NEW_CAL_VIBRIO_NIGRI_HP
- Identificateur
- DOI:10.12770/09d130ca-8b5c-4410-8956-e8c2ffc8f5eb
- But
-
Deux syndromes récurrents menacent la viabilité des élevages de crevettes en Nouvelle-Calédonie. Les méthodes de diagnostic microbiologique ne permettant pas de discriminer la virulence des souches de V. nigripulchritudo, une méthode d'analyse par Multiplex PCR a été développée afin de détecter simultanément les deux pathogènes (V. nigripulchritudo et V. penaeicida) et de déterminer leur pathogénicité. Cette étude a été menée sur des échantillons prélevés entre 2008 et 2010 sur 10 fermes d'élevage localisées sur cette carte.
La carte a été mise à jour en mars 2016 afin d'évaluer la répartition géographique et temporelle des vibrio pathogènes.
- Reconnaissance
- Ifremer : Y. Labreuche, L. Pallandre, D. Ansquer, J. Herlin, B. Wapotro, F. Leroux pour l'étude initiale (2007-2010)
- Reconnaissance
- Ifremer : V. Boulo, D. Ansquer pour la mise à jour 2011-2015
- Reconnaissance
- Centre Technique Aquacole - Adecal : pour les prélèvements 2011-2015
- Etat
- Mise à jour continue
- Fréquence de mise à jour
- Lorsque nécessaire
- Thèmes Sextant ( Thème )
-
- /Activités humaines/Activités scientifiques
- GEMET - INSPIRE themes, version 1.0 ( Thème )
-
- Installations agricoles et aquacoles
- Mots clés ( Discipline )
-
- pathologie
- épidémiologie
- Vibrio penaeicida
- Mots clés ( Localisation )
-
- NewCaledonia
- Mots clés ( Thème )
-
- biologie marine
- organisme pathogène
- Contraintes d'accès
- Droit d’auteur / Droit moral (copyright)
- Contraintes d'accès
- Autres restrictions
- Contraintes d'utilisation
- Restreint
- Autres contraintes
- Obligation de citation : Labreuche et al. 2011. "Pathotyping of Vibrio Isolates by Multiplex PCR Reveals a Risk of Virulent Strain Spreading in New Caledonian Shrimp Farms". Microb Ecol (2012) 63:127-138
- Limitation d'utilisation
- Utilisation pour la recherche uniquement
- Type de représentation spatiale
- Vecteur
- Dénominateur de l'échelle
- 50000
- Langue
- fr
- Jeu de caractères
- Utf8
- Catégorie ISO
-
- Biote
- Date de début
- 2007-01-01
- Date de fin
- 2015-12-31
))
- Nom du système de référence
- EPSG / RGNC91-93 / Lambert New Caledonia (EPSG:3163) / 7.9
- Niveau topologie
- Géométrie seulement
- Type de géométries des objets
- Point
- Nombre d'objets géométriques
- 16
- Format (encodage)
-
-
ESRI Shapefile
(
10.1
)
-
ESRI Shapefile
(
10.1
)
- Ressource en ligne
-
IFR_NEW_CAL_VIBRIO_PATHOTYP_PENAE_2007_2015
(
OGC:WMS
)
Lien WMS
- Ressource en ligne
-
IFR_NEW_CAL_VIBRIO_PATHOTYP_PENAE_2007_2015
(
OGC:WFS
)
Lien WFS
- Protocole
- FILE
- Nom
- IFR_NEW_CAL_VIBRIO_PATHOTYP_PENAE_2007_2015
- Description
- Lien Téléchargement
- Ressource en ligne
-
Pathotyping of Vibrio Isolates by Multiplex PCR Reveals a Risk of Virulent Strain Spreading in New Caledonian Shrimp Farms
(
WWW:LINK
)
Publication scientifique présentant la méthode d'analyse Multiplex PCR, disponible sur archimer.ifremer.fr
- Niveau
- Jeu de données
Résultat de conformité
- Date ( Création )
- 2012-01-16
- Explication
- Non évalué
- Degré de conformité
- Non
- Généralités sur la provenance
-
Données obtenues lors d'analyses par Multiplex PCR suite à des épisodes de mortalité signalés sur les sites d'élevage de L. stylirostris dans le cadre du REC.
Une première version de la donnée créée le 20/01/2012 était disponible dans Sextant, avec l'ensemble des souches isolées, dates de prélèvements,etc.
Pour faciliter la lecture, ces informations ont été synthétisées dans cette nouvelle donnée, avec une colonne par année et la codification suivante :
D : détecté
ND : non détecté
NR : non recherché
Les histogrammes sont à lire de bas en haut pour les années 2007 à 2015.
Concernant la méthode d'analyse, il est important de préciser que pour l'espèce V.nigripulchritudo, la méthode utilisée permet de distinguer de façon spécifique les souches type "syndrome d'été" présentant un pathotype moyennement pathogène (MP) et celles de pathotype hautement pathogène (HP).
Par contre, cette technique ne permet pas de différencier les souches non pathogènes et les souches pathogènes "hors syndrome d'été", définies ici comme Non Typées (NT).
Enfin, les cultures bactériennes, réalisées par le CTA dans le cadre du REC, ne sont pas systématiquement analysées en multiplex PCR.
- Identifiant de la fiche
- 09d130ca-8b5c-4410-8956-e8c2ffc8f5eb XML
- Langue
- fr
- Jeu de caractères
- Utf8
- Type de ressource
- Jeu de données
- Date des métadonnées
- 2020-06-04T01:12:48
- Nom du standard de métadonnées
- ISO 19115:2003/19139 - SEXTANT
- Version du standard de métadonnées
- 1.0
Aperçus
Étendue spatiale
Fourni par
