Les microorganismes sont des indicateurs de la qualité des milieux naturels (bactéries indicatrices d’un risque associé à l’usage de ces milieux et/ou d’une ressource exploitée) ; mais ils sont également des acteurs dans la transformation de la matière biogène et la dégradation / immobilisation de composés à forte toxicité déversés par les activités humaines. Enfin les microorganismes sont en interaction avec d’autres organismes du milieu : flores symbiontes, commensales ou pathogènes qui peuvent affecter, positivement ou négativement, la dynamique de population des organismes considérés. En zone marine côtière l’habitat benthique occupe une place particulière. Les sédiments, réceptacles des apports de la colonne d’eau constituent un support au développement d’une communauté de micro et de macroorganismes qui interagissent. Le projet abordera deux questions : quelle est la flore bactérienne associée à des macroorganismes benthiques remaniant le sédiment ? en quoi peut–elle être influencée par les communautés procaryotes présentes dans le sédiment ? On s’intéressera de façon non exclusive à la zone intertidale du Bassin d’Arcachon et à deux bivalves : la coque et la palourde. A côté de la flore procaryote (bactéries et archées), une attention sera également portée aux bactéries indicatrices de contamination fécale (E. coli ou entérocoques) qui peuvent (i) trouver dans les sédiments un habitat propice à leur survie ou (ii) y être localement introduites en masse (zones à forte fréquentation aviaire par exemple).