Une réserve naturelle nationale et son périmètre de protection associé font partie des espaces naturels protégés (ENP) qui sont des zones désignées ou gérées dans un cadre international, communautaire, national ou local en vue d'atteindre des objectifs spécifiques de conservation du patrimoine naturel. Une réserve naturelle nationale est un espace protégé terrestre ou marin, créé par l'État, et dont le patrimoine naturel est exceptionnel, tant sur le plan de la biodiversité que parfois sur celui de la géodiversité. Un classement en réserve naturelle nationale intervient pour assurer la conservation de ce patrimoine exceptionnel. Il s'agit d'un espace fortement réglementé, soustrait à toute intervention artificielle susceptible de le dégrader et qui bénéficie d'un plan de gestion. Elle se classe en catégories Ia, III ou V de l'UICN (selon la réglementation et les objectifs de gestion mis en place). Plusieurs réserves naturelles nationales bénéficient d'une superficie additionnelle en « zone tampon » protégée par ce dispositif. Selon les cas on distingue les périmètres de protection sensu stricto pris par arrêté préfectoral, et les zones de protection définies par décret. Les périmètres de protection peuvent être vastes et définis à partir d'une liste de communes notamment dans le cas des réserves géologiques. Références légales : Articles L332-1 à L332-27, R332-1 à R332-29, R332-47 à R332-48 et R332-66 à R332-81 du code de l'environnement.

Un parc naturel régional fait partie des espaces naturels protégés (ENP) qui sont des zones désignées ou gérées dans un cadre international, communautaire, national ou local en vue d'atteindre des objectifs spécifiques de conservation du patrimoine naturel. Les parcs naturels régionaux ont pour but de valoriser de vastes espaces de fort intérêt culturel et naturel, et de veiller au développement durable de ces territoires dont le caractère rural est souvent très affirmé. Ils sont créés suite à la volonté des collectivités territoriales (communes, communautés de communes, départements, régions) de mettre en oeuvre un projet de territoire se concrétisant par la rédaction d'une charte. Un parc est labellisé pour une durée de 12 ans maximum par l'État, et peut être renouvelé. Il se classe en catégorie V de l'UICN (paysages protégés). Un parc naturel régional peut concerner plusieurs régions et s'étendre en mer. Fichier de contour des 3 PNR qui concernent la Bourgogne-Franche-Comté, y compris pour leur partie de territoire qui est hors Bourgogne-Franche-Comté.