La couche est constituée du réseau de sites naturels sur lesquels le Conservatoire d'espaces naturels de Franche-Comté dispose d'une maîtrise foncière ou d'usage. Cette maîtrise foncière ou d'usage peut être partielle ou totale.

La délimitation des périmètres des sites CEN repose sur plusieurs critères :

- critère administratif

un site résulte d'abord du regroupement des parcelles pour lesquels le CENFC dispose d’un droit réel via la maîtrise foncière (propriété ou bail emphytéotique) ou d’une délégation totale ou partielle de l’usage sur le site (convention de gestion, bail privé).

- critère scientifique

le périmètre du site résulte d'une cohérence d'habitats et d'enjeux de gestion, de la prise en compte de la fonctionnalité des milieux et des espèces. Le périmètre de site correspond en théorie à une entité fonctionnelle et écologique.

- critière socioéconomique

le périmètre du site peut également être influencé par les perceptions et attentes locales ou encore le cadre d'intervention.

Les périmètres de site sont réexaminés périodiquement notamment lors des révisions de documents de gestion et au regard de la progression de la maîtrise foncière ou de la maîtrise d'usage.