Le chalutage de fond et à perche ciblent principalement les poissons et les céphalopodes, tandis que le méga-zooplancton et la plupart des autres invertébrés benthiques sont considérés comme des prises accessoires. Le maillage du chalut de fond, qui diminue généralement depuis l'ouverture jusqu'à l'autre extrémité du chalut, et les engins de fond utilisés (qui ne font généralement qu'égratigner la surface du fond marin) permettent de capturer principalement des épifaunes de taille méga-(>2cm). Bien que le chalut de fond soit rarement reconnu comme un dispositif d'échantillonnage valable pour les espèces d'invertébrés benthiques, ces observations sont néanmoins considérées comme particulièrement pertinentes car 1) elles représentent la fraction de la faune benthique la plus susceptible d'être affectée par la pêche de fond ; 2) elles intègrent la composition des assemblages sur de grandes zones (1-4 km de long et 3-20 m de large) et sont représentatives de la structure des habitats à grande échelle ; enfin 3) elles sont particulièrement adaptées à la collecte d'espèces surdispersées ou mobiles.

L'IFREMER contribue à la collecte de données biologiques de base dans les eaux françaises de la Méditerranée au travers de la campagne annuelle de chalutage (de fond) MEDITS (Mediterranean International Trawl Survey, menée en juin depuis 1994) et la campagne de chalutage (à perche) NOURMED (Nourriceries Méditerranée, menée en septembre depuis 2018) à bord du RV L'Europe.

Pour le programme MEDITS, les engins d'échantillonnage ont utilisé un chalut de fond standardisé au niveau international (GOC73), bien adapté à la capture d'espèces démersales (en particulier les poissons et les céphalopodes), avec un maillage de 10 mm au niveau de l'arrière du chalut pour la capture de juvéniles. La stratégie d'échantillonnage consiste à réaliser des lignes standards de 30 ou 60 minutes (respectivement au-dessus et en dessous de 200 m de profondeur) à une vitesse de 4 nœuds pendant la journée, répartis uniformément sur toute la zone d'étude. Les espèces démersales et la mégafaune/épifaune capturées dans le chalut de fond ont été triées, identifiées, comptées et pesées (MEDITS, 2017). Pour NOURMED, l'engin d'échantillonnage était un chalut à perche standardisé de 3 m (CP3M), conçu pour la capture des espèces benthiques (en particulier les poissons plats et les juvéniles), avec un maillage de 10 mm au niveau de l'extrémité du chalut. La stratégie d'échantillonnage consiste à dessiner des lignes standard durant 15 minutes à une vitesse de 2 nœuds pendant la journée, répartis uniformément sur toute la zone d'étude. Les espèces benthiques et la mégafaune/épifaune capturées dans le chalut à perche ont été triées, identifiées, comptées et pesées (Vaz et al., 2019)

Le jeu de données se concentre sur les invertébrés benthiques vulnérables et est composé d'une table d'attributs. Elle donne des informations sur chaque opération (relevé, date, lieu, type d'engin, surface balayée en km², ouverture horizontale en m, profondeur en m). Les captures d'espèces ont été exprimées en nombre total d'individus ou en poids total (g) par km². Dans l'éventualité où la prise a été abimée, l’espèce ne peut plus être comptée et la valeur "1" a été utilisée pour notifier la présence de l'espèce dans la capture. La valeur "0" signifie que l'espèce n'a pas été pêchée.

MEDITS (2017) MEDITS - International Bottom Trawl Survey in the Mediterranean : Instruction Manual Version 9.

Vaz Sandrine, Brind'Amour Anik, Delaunay Damien, Baudrier Jerome (2019). Rapport de campagne de nourriceries côtières : Campagne NOURMED 2018 . R.RBE / MARBEC-2019 . https://archimer.ifremer.fr/doc/00506/61742/