Localisation des tronçons d'infrastructures linéaires (voiries, voies ferrées, etc...) qui limite de manière importante la capacité de la faune ou de la flore de se déplacer d'un cœur de nature à un autre, en fractionnant l'espace de transit. La Charte préconise de rendre ces tronçons plus perméable par des aménagements adaptés (ecopont, etc...), d'où leur localisation sur le plan de Référence. L'identification des tronçons fractionnants s'est fait sur dire d'expert ou par connaissance du terrain. Les infrastructures concernées ne sont pas nécessairement situées dans les biocorridors identifiés au plan de référence, elles peuvent se situer directement dans les massifs forestiers.