- Données issues d'un protocole de collecte et de validation : Guide méthodologique des campagnes aériennes d’observation des oiseaux et mammifères marins sur l’espace maritime métropolitain et zones limitrophes – Programme PACOMM - SAMM. G.Dorémus et al. 2011.

- Le protocole d’acquisition de ces données sur ces campagnes a été mis en place grâce à l’expérience de l’équipe de l’Observatoire PELAGIS acquise depuis plus de 10 ans dans ce domaine notamment à travers les campagnes d’observations aériennes ROMER( 2000-2002), ATLANCET (2003) et SCANS (2005)

Les observations sont faites depuis un avion survolant des transects prédéfinis, à une hauteur constante de 600 pieds et à une vitesse de 90 nœuds. Deux observateurs relèvent les conditions environnementales et les observations suivantes (en surface ou sous la surface):

- selon la méthode de strip transect (bande de 200m): les observations d'oiseaux

- selon la méthode du line transect (jusqu'à 500m): les observations de mammifères marins, de requins, raies, poissons osseux (grands poissons ou bancs de poisson) et tortues marines.

- selon la méthode de strip transect : les macro-déchets (bande de 200 m) et les bateaux (bande de 500m)

Les données sont collectées sous la coordination de l'Observatoire PELAGIS par des équipes de scientifiques et des observateurs, tous formés spécifiquement au protocole d’observation aérienne (protocole identique sur REMMOA et SAMM).

Bilan :

Les campagnes SAMM ont permis de collecter plus de 20 000 données de même nature dans les eaux métropolitaines le long de plus de 100 000 km de transects.

Les campagnes REMMOA ont permis de collecter plus de 58 000 observations sur la mégafaune marine et les activités humaines (déchets, navires et engins de pêche) sur près de 205 000 km de transects parcourus en avion au-dessus de la mer.

- Les survols réalisés en métropole - campagne SAMM (Suivi de la Mégafaune Marine) - s'inscrivent dans le programme PACOMM répondant aux objectifs communautaires de conservation et de valorisation des espaces maritimes (Natura 2000, DCSMM, conventions de mer régionales…).

Le jeu de données est composé de deux jeux de données samm1 pour l'hiver 2011 et samm2 pour l'été 2012.

Données collectées dans le cadre de la recherche scientifique pour la mise en place du réseau Natura 2000 en mer. La phase opérationnelle a été conduite conjointement par l'UMS 3462 pour la coordination scientifique et l'AAMP pour la coordination globale du projet.

- Les survols réalisés en outre-mer - programme REMMOA (REcensement des Mammifères marins et autre Mégafaune pélagiques par Observation Aérienne) constitué de quatre campagnes de cartographie de la diversité et de la densité de mégafaune pélagique dans la ZEE française d’outre-merv (Antilles, Guyane, zone de la commission de l'Océan Indien, Polynésie-Française, Nouvelle-Calédonie) - visent à compléter les connaissances scientifiques (abondantes et diversifiées dans les régions côtières) dans les vastes étendues océaniques qui constituent l’essentiel de la ZEE française dans les régions tropicales des océans Atlantique, Indien et Pacifique afin d'identifier les secteurs prioritaires pour l’établissement des nouvelles AMP et d’élaborer leurs plans de gestion.

Pour chaque région d'étude est associée au moins une campagne. Les observateurs sont liés à la campagne ainsi que les secteurs géographiques d'étude. Pour chaque secteur sont associées des strates bathymétriques et des transects liés à chacune de ces strates (à quelques exceptions près pour la région Océan Indien).

- Définition des secteurs : zones correspondant aux domaines maritimes distincts (façade, archipel, etc.)

- Définition des strates bathymétriques : zones au sein de chaque secteur, délimitées en fonction des caractéristiques bathymétriques telles que la profondeur, le relief et le gradient de pente

- Définition des transects : la ventilation de l’effort d’observation entre les strates bathymétriques a été définie en tenant compte des taux d’observations attendus (disponibles dans la littérature ou issus de campagnes précédentes non publiées) afin d’obtenir un nombre significatif d’observations pour les cétacés et de permettre une modification de l’effort au cours de la campagne en fonction des taux réellement observés (augmentation ou diminution de l’effort). Les transects suivent une disposition systématique au sein d’une strate.

- Les strates bathymétriques ont été découpées par le trait de côte européen europe coastline

Les données sont acquises pendant les vols et son également enregistrées numériquement.

A terre, les données sont nettoyées des oublis et erreurs de saisie.

La correspondance code espèce, nom, famille, genre a été vérifiée avec le référentiel TAXREFv5.0. L'identification des espèces est affinée par les photos prises le cas échéant. Les données sont restées dans leur système de coordonnées initial. Les données sont acquises dans le cadre d'un protocole défini depuis l'acquisition (formation des observateurs) à la validation technique et scientifique et supervisées par les scientifiques de l'Observatoire PELAGIS.

Au retour de campagne, les données subissent un contrôle et une revalidation technique et scientifique par les experts de l'Observatoire Pelagis.

L'effort est ensuite linéarisé et comptabilisé afin de déterminer les taux de rencontre (nombre d'observation/km d'effort parcourus)

Les données d'occurrences sont générées et transmises à l'inpn et à disposition sur Sextant à destination des gestionnaires, politiques publiques

Les données sont à l'heure actuelle stockées dans leur format natif (VOR - Access) et en Géodatabase fichier.

Les données subissent un contrôle qualité automatisé sous FME 2013+.

Il s'agit du niveau 1 des données, c'est à dire du niveau validé où l'effort est linéarisé et relié aux observations.

Les données sont préparées pour les analyses (ajout d'identifiants, découpage de l'effort en segments homogènes, etc.)

Les analyses sont réalisées conjointement sous R et sous Distance.

Il s'agit du niveau 2 des données, c'est à dire du niveau élaboré, ce format des données n'est pas public.