Des prélèvements effectués tous les 15 jours à un mois dans les 15 cours d'eau qui se jettent dans le bassin d'Arcachon ont permis de faire le lien entre les flux d'azote et de phosphore de chaque bassin versant et l'occupation du sol. Les paramètres mesurés sont les nitrates, l'ammonium et l'azote organique dissous puis le phosphore organique et inorganique dissous. L'eau de pluie a aussi été analysée au cours de l'année 2008. Nous montrons que les flux en 2007-2008 ont légèrement augmenté durant la dernière décennie.

Les eaux qui circulent à marée basse dans les esteys déconnectés des rivières sont alimentées par les eaux interstitielles des sédiments. De ce fait, ces eaux sont chargées en composés réduits issus du recyclage de la matière organique. Ce "pompage tidal" transfère vers la colonne d'eau du Bassin d'Arcachon autant de sels nutritifs que la Leyre.

Depuis septembre 2007, un programme de recherche est en cours sur le cycle du carbone dans le bassin d’Arcachon. Une des différentes actions menées dans ce projet consiste à comprendre et quantifier les flux de carbone organique et inorganique transportés par les rivières alimentant la lagune. Ce point a fait l’objet d’un échantillonnage bi-mensuel depuis entre février 2008 et février 2009. L’objectif est aussi de comparer le flux de carbone biogénique exporté par la nappe phréatique plioquaternaire dans le bassin versant Leyre-Arcachon avec la production primaire forestière du bassin versant et aquatique du Bassin d’Arcachon lui-même.

Échantillonnage de l'eau de surface toutes les heures dans le Chenal de Teychan afin d'identifier les variations des paramètres bioogéochimique au cours d'un cycle nyctéméral (jour/nuit) et deux cycles de marée. L'échantillonnage est saisonnier. L'effet de la marée est plus important que l'effet jour/nuit sur les variations des paramètres mesurés.

Des carottes sédimentaires de 10 à 20 cm de long ont été collectées dans divers types de sédiments sur l'estran de Cassy afin d'analyser la distribution verticale des composés liés au recyclage de la matière organique. Nous avons déterminé la différence entre des vases sans herbier, des vases colonisées et le sable. Environ 70 carottes de sédiments ont été récoltées entre 2005 et 2008.