Contour des zones RAMSAR en Franche-Comté. La seule zone inventoriée au titre de RAMSAR est le Bassin du Drugeon.

La Convention RAMSAR s'applique aux zones humides, c'est à dire les étendues de marais, de fagnes, de tourbières, d'eaux naturelles ou artificielles, permanentes ou temporaires, où l'eau est stagnante ou courante, douce, saumâtre ou salée, y compris des étendues d'eau marine dont la profondeur à marée basse n'excède pas six mètres. Les zones humides concernées doivent avoir une importance internationale au point de vue écologique, botanique, zoologique, limnologique ou hydrologique. La Convention de Ramsar (Iran) a été signée le 2 février 1971 et ratifiée en France en 1986 Le décret n°87-126 du 20 février 1987 rappelle le rôle primordial des zones humides en tant qu'habitat pour les oiseaux d'eau.