Le référentiel des PSFM du Système d’Informations Halieutiques correspond à la combinaison de Paramètres, Supports, Fractions, Méthodes et Unités. Il permet la saisie, la bancarisation et la restitution de variables. Il est associé à de nombreux autres référentiels : espèces, engins, …

Le référentiel des lieux du Système d’Informations Halieutiques est divisé en 3 catégories : les lieux à terre, les zones en mer et les zones réglementaires en mer. Chacune d’elle est organisée hiérarchiquement. Il existe 93 niveaux de lieux dans Harmonie : une fiche de métadonnées existe pour chacun d’entre eux avec, lorsqu’elle existe, une couche géographique.

Le référentiel des espèces exploitées d’intérêt commercial du Système d’Informations Halieutiques reprend le référentiel ASFIS de la FAO enrichi d’espèces ayant un fort intérêt commercial en France (métropole et outre-mer).

Pour certaines espèces commerciales, des coefficients appelés équivalent poids vifs permettent de calculer le poids vif du poisson à partir du poids enregistré au débarquement, ou à partir du poids net des divers produits transformés préparés à bord ou dans des usines installées sur le littoral.