Les microorganismes sont des indicateurs de la qualité des milieux naturels (bactéries indicatrices d’un risque associé à l’usage de ces milieux et/ou d’une ressource exploitée) ; mais ils sont également des acteurs dans la transformation de la matière biogène et la dégradation / immobilisation de composés à forte toxicité déversés par les activités humaines. Enfin les microorganismes sont en interaction avec d’autres organismes du milieu : flores symbiontes, commensales ou pathogènes qui peuvent affecter, positivement ou négativement, la dynamique de population des organismes considérés. En zone marine côtière l’habitat benthique occupe une place particulière. Les sédiments, réceptacles des apports de la colonne d’eau constituent un support au développement d’une communauté de micro et de macroorganismes qui interagissent. Le projet abordera deux questions : quelle est la flore bactérienne associée à des macroorganismes benthiques remaniant le sédiment ? en quoi peut–elle être influencée par les communautés procaryotes présentes dans le sédiment ? On s’intéressera de façon non exclusive à la zone intertidale du Bassin d’Arcachon et à deux bivalves : la coque et la palourde. A côté de la flore procaryote (bactéries et archées), une attention sera également portée aux bactéries indicatrices de contamination fécale (E. coli ou entérocoques) qui peuvent (i) trouver dans les sédiments un habitat propice à leur survie ou (ii) y être localement introduites en masse (zones à forte fréquentation aviaire par exemple).

Les eaux qui circulent à marée basse dans les esteys déconnectés des rivières sont alimentées par les eaux interstitielles des sédiments. De ce fait, ces eaux sont chargées en composés réduits issus du recyclage de la matière organique. Ce "pompage tidal" transfère vers la colonne d'eau du Bassin d'Arcachon autant de sels nutritifs que la Leyre.

Concentrations of metals, organochlorines in surficial sediments (1st cm) in the Mediterranean coast, from RNO data.

Des carottes sédimentaires de 10 à 20 cm de long ont été collectées dans divers types de sédiments sur l'estran de Cassy afin d'analyser la distribution verticale des composés liés au recyclage de la matière organique. Nous avons déterminé la différence entre des vases sans herbier, des vases colonisées et le sable. Environ 70 carottes de sédiments ont été récoltées entre 2005 et 2008.

Jusqu’en 1997, parmi les réseaux nationaux de suivi du milieu littoral existants, aucun ne prenait en compte la problématique portuaire. Or, les activités pratiquées dans les ports maritimes influent sur la qualité du milieu aquatique malgré les mesures de prévention mises en place sans toutefois que leur impact soit réellement bien connu. C’est pourquoi, par circulaire du 7 mars 1997, le ministère du Développement durable a mis en place le Réseau national de surveillance de la qualité des eaux et des sédiments des ports maritimes, dénommé REPOM. Ce dernier a été constitué à partir des réseaux départementaux de suivi de la qualité des ports que géraient les Cellules Qualité des Eaux Littorales (CQEL).