Le référentiel des lieux du Système d’Informations Halieutiques est divisé en 3 catégories : les lieux à terre, les zones en mer et les zones réglementaires en mer. Chacune d’elle est organisée hiérarchiquement. Il existe 93 niveaux de lieux dans Harmonie : une fiche de métadonnées existe pour chacun d’entre eux avec, lorsqu’elle existe, une couche géographique.

Le référentiel des espèces scientifiques du Système d’Informations Halieutiques recense les espèces observées lors des campagnes halieutiques ou dans le cadre des observations des programmes de collecte (ObsVentes, ObsMer, Campagnes,…).

Le référentiel des engins du Système d’Informations Halieutiques comprend d’une part, les engins de pêche de la FAO enrichi avec des spécificités nationales, et d’autre part les engins de prélèvement utilisés au cours des campagnes halieutiques menées par l’Ifremer et ses partenaires.

Les relations taille-poids sont propres à chaque espèce scientifique et à son milieu. Elles permettent de déterminer la taille d’un individu à partir de son poids ou inversement. Ces relations sont établies statistiquement à partir d’un échantillon d’individus représentatifs de l’espèce.

Pour certaines espèces commerciales, des coefficients appelés équivalent poids vifs permettent de calculer le poids vif du poisson à partir du poids enregistré au débarquement, ou à partir du poids net des divers produits transformés préparés à bord ou dans des usines installées sur le littoral.

Un métier dans le Système d’Informations Halieutiques est une pratique de pêche définie par un engin de pêche et une espèce cible. Ils sont utilisés à des fins statistiques afin d’évaluer les stratégies et les efforts de pêche.

Le référentiel des PSFM du Système d’Informations Halieutiques correspond à la combinaison de Paramètres, Supports, Fractions, Méthodes et Unités. Il permet la saisie, la bancarisation et la restitution de variables. Il est associé à de nombreux autres référentiels : espèces, engins, …

Le référentiel des espèces exploitées d’intérêt commercial du Système d’Informations Halieutiques reprend le référentiel ASFIS de la FAO enrichi d’espèces ayant un fort intérêt commercial en France (métropole et outre-mer).

Ces données renseignent les caractéristiques des armateurs et des navires : immatriculation, année de construction, matériau, longueur, port, lieu d'immatriculation, appartenance au fichier FPC, jauge, puissance.