Comme tous les milieux côtiers soumis à des pressions anthropiques, le Bassin d'Arcachon subit des contaminations liées aux activités qui s'exercent dans la Baie ou sur son bassin versant. Les activités urbaines, agricoles, industrielles, domestiques et touristiques engendrent des apports de contaminants chimiques multiples et variés qui ont des conséquences sur l’environnement marin et sur l’homme. En particulier, les polluants métalliques peuvent se retrouver dans les eaux et les sédiments du Bassin d’Arcachon, impactant potentiellement les organismes aquatiques qui s’y trouvent. Les bivalves filtreurs notamment présentent de fortes capacités de bioaccumulation des éléments traces métalliques à l’origine de leur utilisation dans les réseaux de biosurveillance (Réseau National d’Observation, RNO). Cependant, très peu d’études jusqu’à présent se sont réellement intéressées à l’état de contamination des bivalves filtreurs dans le Bassin d’Arcachon, hormis les analyses réalisées sur les huîtres sauvages par le RNO. Concernant les bivalves fouisseurs, encore moins de données sont disponibles dans la littérature concernant le Bassin d’Arcachon. Pourtant, la coque, par son mode de vie enfoui dans les sédiments et en tant qu’organisme filtreur peut représenter une espèce particulièrement sensible à la présence de contaminants métalliques

Dans le cadre d'un projet régional (2008-2009) une approche multi résidus (polluants organiques, inorganiques et organométalliques) a été entreprise. Celle-ci vise à définir l'état actuel de la contamination du Bassin d'Arcachon, par une caractérisation des apports anthropiques, une meilleure compréhension de la dynamique des contaminants dans le Bassin et une analyse de l'impact vis a vis des organismes et notamment de l'huître.

Étude de la dynamique de la population de coque du Banc d’Arguin et des peuplements de parasites trématodes associés.

Récemment, une nouvelle maladie (la maladie du muscle marron) a été décrite pour les palourdes japonaises du Bassin d’Arcachon. L’une des manifestations essentielles de cette maladie est la nécrose du muscle postérieur, entraînant une remontée à la surface des individus et augmentant considérablement leur vulnérabilité (prédation, dessiccation). Une analyse histologique de muscle malade a mis en évidence la présence de corps denses aux électrons mesurant 30 nm de diamètre, suggérant que l’agent éthiologique pourrait être des particules virales.

La valvométrie (mesure de l'activité des valves de mollusques) est une technique qui permet d'enregistrer le comportement de mollusques bivalves. D'abord développé pour la recherche fondamentale, l'application naturelle est le suivi de la qualité de l'eau dans laquelle les animaux vivent. Le comportement est acquis en permanence, analysé puis publié en ligne sur le site: l'Oeil du Mollusque (accès public et professionnel).

Suivi pluriannuel et multi-stations des paramètres démographiques de populations de coques Cerastoderma edule (Mollusque bivalve).

Évolution saisonnière de la physiologie des huîtres et intégration alimentaire. Comparaison des huîtres d’origine cultivées ou sauvages.

Caractérisation temporelle des paramètres environnementaux et des ressources alimentaires disponibles pour les huitres.

En tant que ressource exploitée et organismes bioindicateurs de la qualité des milieux, les mollusques présentent un intérêt considérable dans la gestion des écosystèmes littoraux. Dans ces milieux sensibles, l’activité anthropique induit chez les organismes une situation de ‘multi-stress’ où pollution métallique, contamination bactériologique pathogène, notamment en relation avec les activités d’aquaculture, et infestation parasitaire sont autant de facteurs délétères pour les organismes. Ces facteurs de perturbation, souvent pris en compte individuellement, sont étudiés par une approche intégrée de leurs interactions (neutralisme, synergie ou antagonisme) sur la réponse génétique, cellulaire, physiologique et populationnelle chez la coque Cerastoderma edule et la palourde japonaise Ruditapes philippinarum. Ces deux espèces de bivalves marins ont été choisies au regard de leurs particularités écologiques propres (statut d’espèce indigène pour la coque, introduite pour la palourde ; espèce réservoir de parasites ‘porteur sain’ pour la coque, individus développant une pathologie pour la palourde, …), et de leur capacités de bioaccumulation métallique divergentes.

Évolution temporelle des communautés benthiques et paramètres sédimentaires associés au récif naturel d’huîtres, des tables ostréicoles et de témoin sans huîtres.