Un inventaire des bancs de maerl, algues rouges marines Corallinacées à thalles calcifiés arbusculaires et non fixés, est réalisé dans les Pertuis Charentais grâce à la compilation de données historiques et de nouvelles observations sur la période 2006-2012. L’emprise géographique de l’inventaire englobe les Pertuis Breton, d’Antioche et de Maumusson, s’étend de l’estuaire du Lay au Nord à la baie de Marennes-Oléron au Sud et inclut les pourtours des îles de Ré, d’Oléron et d’Aix. Sont contributrices à cet inventaire, les prospections DCE 2006, les contrôles de surveillance DCE 2007 à 2012 sous l’égide d’Ifremer et des Agences de l’Eau Loire-Bretagne et Adour-Garonne, les prospections réalisées pour le Port Atlantique La Rochelle sur le site de dépôts de dragage du Lavardin de 2007 à 2012, les prospections 2007 FONSOLE d’Ifremer et les prospections d’Ifremer et du laboratoire LIENSs en vue de cartographier les stocks de crépidules en mer des Pertuis Charentais. S’ajoutent des prospections spécifiques réalisées en 2011 à bord du navire Estran par benne sur les fonds sédimentaires infralittoraux du Pertuis Breton et par cadrat en zone intertidale en 2012 sur les pourtours des îles de Ré, d’Oléron et le long des falaises d’Aytré. Le positionnement des stations de vérité terrain ont eu lieu par relevés GPS ou dGPS. Repéré initialement par des prélèvements à la benne en octobre 2009 lors de la validation de prospections sonar pour individualiser les stocks de crépidules, un banc de maerl vif est cartographié en juillet 2011 en rade de Saint-Martin dans le Pertuis Breton. Sa superficie est estimée à plus de 2 km². Des prospections pedibus jambi réalisées à la pointe du Grouin et à Saint-Martin de Ré ont permis de confirmer la présence de maerl vif épars sur le bas des estrans. Cela suggère un éparpillement des thalles de maerl vif sur plusieurs dizaines de km² autour du banc principal de Saint-Martin. Est aussi confirmé l’unique relevé algologique de Phymatolithon calcareum fait au début du XXème siècle à Saint-Martin de Ré par Dollfus, probablement déjà en bas d’estran comme observé en 2012 à proximité de la balise du Couronneau. De très nombreux thalles de maerl mort en voie de diagénèse ont aussi été observés dans l’Est et le Sud-Est des Pertuis Breton et d’Antioche suggérant des apports par transports passifs issus de bancs vivants situés plus à l’Ouest, y compris dans le Pertuis d’Antioche. La présence de maerl vif sur le bas des estrans est en effet connue très ponctuellement dans l’Ouest des îles d’Oléron (Pointe de Chassiron) et de Ré (Phare des Baleines) via des relevés algologiques et faunistiques récents. Sur le plan biogéographique, le banc de maerl du Pertuis Breton est le plus oriental et le plus méridional de ceux connus dans le Golfe de Gascogne. Les bancs de maerl connus les plus proches sont respectivement situés à Noirmoutier (baie de Bourgneuf) et en Galice (Espagne). Ces observations complètent l’atlas cartographique des populations de maerl en Europe édité sous l’égide de la convention OSPAR. Elles apportent une base de connaissances pour les futures actions de conservation à définir localement dans le contexte Natura 2000 en mer du Parc Naturel Marin de l’estuaire de la Gironde et des Pertuis charentais.

Les stocks (abondance et biomasse) de la crépidule Crepidula fornicata Linné, 1758 sur les petits fonds des Pertuis Charentais ont été estimés en 2011 et cartographiés (Sauriau et al., 2011). L’emprise de l’estimation comprend le Pertuis Breton, la partie Est du Pertuis d’Antioche, la presqu’île de Fouras et la baie de Marennes-Oléron où pour cette dernière baie des estimations antérieures sont disponibles. Les contours et superficies des bancs de crépidules ont été déterminés préalablement par imagerie acoustique réalisés à bord de la VO/Haliotis en 2008 et 2009, interprétés puis validés par des prélèvements ponctuels en 2009 (Curti, 2009). L’échantillonnage des stocks de 2011 s’appuie sur un échantillonnage aléatoire stratifié de 40 bancs avec une répartition proportionnelle de l’effort d’échantillonnage de 200 stations entre les bancs. Sont répertoriés pour chaque banc les stocks de crépidules (abondance en million, biomasse en tonne) aussi bien vivantes que mortes, ces dernières coquilles pouvant servir de support potentiel à de nouvelles colonisations.

La distribution géographique des principaux gisements du pétoncle Chlamys varia L. aujourd’hui nommé Mimachlamys varia (Linné, 1758) a été dressée en 1951 par Letaconnoux & Audouin (1956) pour la région de La Rochelle englobant les Pertuis Breton et d’Antioche. L’inventaire porte sur les principaux gisements naturels de pétoncle du Pertuis Breton, du Pertuis d’Antioche jusqu’au Pertuis de Maumusson puis détaille les structures d’âge de deux populations issues du banc du Bûcheron et du banc de la Flotte dans le Pertuis Breton. L’analyse des conditions thermiques et salines en 1951-1952 permet aux auteurs de préciser le régime hydrologique propre aux bancs de pétoncle : marin (30 à 35 de salinité) et non perturbé par l’influence des eaux peu salées issues des panache fluviaux de la Sèvre et de la Charente, zone peu profonde au-dessus de l’isobathe des -15 m jusqu’à l’infralittoral exondable. Sont localisés treize bancs de pétoncle dont cinq dans le Pertuis Breton (en particulier les bancs du Bûcheron et de La Flotte qui sont les plus étendus), sept dans le Pertuis d’Antioche (situé le long des côtes de La Rochelle et d’Angoulin et à proximité de l’île d’Aix) et un au cœur du bassin de Marennes-Oléron (à proximité du banc de Lamouroux). La toponymie des gisements de pétoncle est issue des cartes IGN actuelles sauf pour les bancs du Bûcheron et de la Flotte clairement identifiés par Letaconnoux & Audouin (1956).

La distribution géographique des principaux gisements de mollusques comestibles des côtes de la Charente-Inférieure et du sud Vendée a été dressée en 1904 et 1907 par J. Guérin nommé aussi Guérin-Ganivet, préparateur au Muséum d’Histoire naturelles de Paris. L’iconographie est présentée sous forme de cartes dressées par A. Vaset (Guérin, 1904 ; Guérin-Ganivet, 1907). La carte de 1904 préalablement numérisée sur un support présent à la Médiathèque de La Rochelle a été digitalisée gisements par gisements afin d’extraire l’information spécifique. L’inventaire porte sur les gisements naturels et les structures d’élevage sur estrans (viviers, parcs, bouchots) ou à terre (claires) pour les espèces comestibles de l’époque. Sont répertoriées les gisements naturels disparus ou actifs, les viviers et claires d’engraissement et de verdissage de l’huître plate indigène Ostrea edulis Linné, 1758, les gisements naturels anciens ou récents, les viviers et claires pour l’huître introduite portugaise Crassostrea angulata Lamarck reconnue aujourd’hui comme étant similaire à l’huître creuse japonaise Crassostrea gigas (Thunberg, 1793) ; les moulières naturelles et bouchots à Mytilus edulis Linné, 1758 ainsi que les principaux gisements naturels du pétoncle Mimachlamys varia (Linné, 1758), de la palourde européenne Venerupis decussata (Linné, 1758), de la coque commune Cerastoderma edule (Linné, 1758) et de deux espèces de couteaux Ensis ensis (Linné, 1758) et Solen marginatus Pulteney, 1799. La reprise des informations des deux textes publiés (Guérin, 1904 ; Guérin-Ganivet, 1907) apporte des compléments sur la localisation de gisements naturels d’anomie Anomia ephippium Linné, 1758, de la lutraire Lutraria oblonga (Gmelin, 1791) et de la coquille St-Jacques Pecten maximus (Linné, 1758).

La répartition des herbiers de Zostera noltii Hornemann, 1832 sur les estrans de la baie de Marennes-Oléron présents dans la masse d’eau côtière FRFC02 « Pertuis charentais » a été cartographiée en 2007 dans le cadre du contrôle de surveillance DCE sous l’égide d’Ifremer et de l’Agence de l’Eau Adour-Garonne. L’emprise géographique des estrans dans la masse d’eau côtière s’étend sur Oléron de Boyardville au Nord jusqu’à Gatseau au Sud puis sur le continent de Bourcefranc le Chapus jusqu’à la plage de la Cèpe en passant par la plage de Marennes et l’embouchure de la Seudre. Sont contributrices les données issues de l’analyse d’une image SPOT 5 acquises le 08/09/2006 et traitée en indice de végétation par GéoTransfert, des vérités terrains avec relevés GPS, contours des périmètres d’herbier et estimations des pourcentages de recouvrement (< 25% ; entre 25 et 75% et > 75%), lors des prospections DCE au cours de l’été 2007 par LIENSs et de la photo interprétation des Ortholittorale2000 afin de guider les prospections terrains. Les indices de végétations ont été traduits par ajustement linéaire en pourcentages de recouvrement à partir des vérités terrain comportant plus de 910 points d’observations. L’herbier à Zostera noltii des estrans de l’île d’Oléron se repartit principalement entre la Perrotine et St Trojan. De petits herbiers sont présents au nord de Bourcefranc le Chapus mais présentent leur plein développement du Chapus jusqu’à l’embouchure de la Seudre. Les herbiers des estrans de La Tremblade à Ronce-les-bains sont très clairsemés et peu denses. Au total l’ensemble de l’herbier couvre une superficie de plus de 1300 ha. L’herbier le plus dense et le plus continu se situe dans le périmètre de la réserve naturelle de Moëze Oléron ente Boyardville et le Château. Les herbiers sont néanmoins impactés par la pêche à pied aux coquillages fouisseurs en particulier au Sud du Château d’Oléron. Zostera marina n’est pas observée sur les estrans de cette masse d’eau Nord et bien qu’historiquement connue sur le Nord et l’Ouest d’Oléron ne doit pas y trouver un habitat potentiel. Cette carte est présentée dans les documents DCE (Sauriau et al., 2008) du contrôle de surveillance de l’herbier de Zostera noltii de la masse d’eau Pertuis charentais ainsi que dans la synthèse générale sur les Angiospermes des côtes françaises du Manche-Atlantique (Auby et al., 2010).