La couche est constituée du réseau de sites naturels sur lesquels le Conservatoire d'espaces naturels de Franche-Comté dispose d'une maîtrise foncière ou d'usage. Cette maîtrise foncière ou d'usage peut être partielle ou totale. La délimitation des périmètres des sites CEN repose sur plusieurs critères : - critère administratif un site résulte d'abord du regroupement des parcelles pour lesquels le CENFC dispose d’un droit réel via la maîtrise foncière (propriété ou bail emphytéotique) ou d’une délégation totale ou partielle de l’usage sur le site (convention de gestion, bail privé). - critère scientifique le périmètre du site résulte d'une cohérence d'habitats et d'enjeux de gestion, de la prise en compte de la fonctionnalité des milieux et des espèces. Le périmètre de site correspond en théorie à une entité fonctionnelle et écologique. - critière socioéconomique le périmètre du site peut également être influencé par les perceptions et attentes locales ou encore le cadre d'intervention. Les périmètres de site sont réexaminés périodiquement notamment lors des révisions de documents de gestion et au regard de la progression de la maîtrise foncière ou de la maîtrise d'usage.

Contour des zones RAMSAR en Franche-Comté. La seule zone inventoriée au titre de RAMSAR est le Bassin du Drugeon. La Convention RAMSAR s'applique aux zones humides, c'est à dire les étendues de marais, de fagnes, de tourbières, d'eaux naturelles ou artificielles, permanentes ou temporaires, où l'eau est stagnante ou courante, douce, saumâtre ou salée, y compris des étendues d'eau marine dont la profondeur à marée basse n'excède pas six mètres. Les zones humides concernées doivent avoir une importance internationale au point de vue écologique, botanique, zoologique, limnologique ou hydrologique. La Convention de Ramsar (Iran) a été signée le 2 février 1971 et ratifiée en France en 1986 Le décret n°87-126 du 20 février 1987 rappelle le rôle primordial des zones humides en tant qu'habitat pour les oiseaux d'eau.

Contour des zones RAMSAR en Franche-Comté. La seule zone inventoriée au titre de RAMSAR est le Bassin du Drugeon. Zone Humide d'Importance Internationale découlant de la Convention RAMSAR. Ce traité intergouvernemental, signé le 2 février 1971 à Ramsar (Iran) et ratifié par la France en 1986, est relatif aux zones humides d'importance internationale particulièrement comme habitat des oiseaux d'eau. Les zones humides entendues au sens de la Convention de Ramsar, sont " des étendues de marais, de fagnes, de tourbières ou d'eaux naturelles ou artificielles, permanentes ou temporaires, où l'eau est stagnante ou courante, douce, saumâtre ou salée, y compris des étendues d'eau marine dont la profondeur à marée basse n'excède pas six mètres ". Leur choix doit être fondé sur leur importance internationale au point de vue écologique, botanique, zoologique, limnologique ou hydrologique. Les critères d'intérêt culturel des zones humides participent également au classement des sites. En premier lieu, doivent normalement être inscrites au titre de la Convention les zones humides ayant une importance internationale pour les oiseaux d'eau en toutes saisons. Les objectifs sont d'enrayer la tendance à la disparition des zones humides, de favoriser la conservation de zones humides, de leur flore et de leur faune, de promouvoir et de favoriser l'utilisation rationnelle des zones humides.L'ajout de sites sur la liste se fait par l'État qui transmet au Bureau de la Convention de Ramsar des propositions dûment motivées.Dans la pratique, les DIREN réalisent les dossiers techniques sous l'autorité des préfets. Ils sont ensuite validés par le Comité national Ramsar mis en place par le ministre chargé de l'environnement. (définition issue de : ATEN, fiches juridiques 2005)