La couche est constituée du réseau de sites naturels sur lesquels le Conservatoire d'espaces naturels de Franche-Comté dispose d'une maîtrise foncière ou d'usage. Cette maîtrise foncière ou d'usage peut être partielle ou totale. La délimitation des périmètres des sites CEN repose sur plusieurs critères : - critère administratif un site résulte d'abord du regroupement des parcelles pour lesquels le CENFC dispose d’un droit réel via la maîtrise foncière (propriété ou bail emphytéotique) ou d’une délégation totale ou partielle de l’usage sur le site (convention de gestion, bail privé). - critère scientifique le périmètre du site résulte d'une cohérence d'habitats et d'enjeux de gestion, de la prise en compte de la fonctionnalité des milieux et des espèces. Le périmètre de site correspond en théorie à une entité fonctionnelle et écologique. - critière socioéconomique le périmètre du site peut également être influencé par les perceptions et attentes locales ou encore le cadre d'intervention. Les périmètres de site sont réexaminés périodiquement notamment lors des révisions de documents de gestion et au regard de la progression de la maîtrise foncière ou de la maîtrise d'usage.

La couche rassemble les données d’inventaires des tourbières de Franche-Comté, mis à jour dans le cadre du Plan d’actions en faveur des tourbières 2016-2025. Ces inventaires de terrain ont été principalement réalisés entre 1996 et 1998 et complétés annuellement entre 2015 et 2021. La définition retenue correspond à une épaisseur minimale de 40 cm de tourbe. Cet inventaire n’est pas exhaustif et les éléments localisés n’ont pas tous bénéficié d’une authentification récente de terrain (élément précisé dans un champ dédié).

La table contient les contours des Zones Naturelles d'Intérêt Faunistique et Floristique (ZNIEFF) de type I de 2ème génération en Franche-Comté. L'inventaire des ZNIEFF Franc-Comtoises est entièrement validé. Les dernières validations régionale (par le Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel) et nationale (par le Muséum National d'Histoire Naturelle de Paris) datent respectivement du 11/12/2014 et du 06/02/2015. L'inventaire des ZNIEFF est un programme d'inventaire naturaliste et scientifique lancé en 1982 par le ministère Bouchardeau chargé de l’environnement et confirmé par la loi du 12 juillet 1983 dite Loi Bouchardeau. Une ZNIEFF ne constitue pas une mesure de protection réglementaire mais un inventaire. Il correspond au recensement d'espaces naturels terrestres, fluviaux et marins remarquables (métropole et départements d'outre mer). La désignation d'une ZNIEFF repose sur la présence d'espèces ou d'associations d'espèces à fort intérêt patrimonial régional ou national. Ces données naturalistes sont de plus cartographiées via les contours des ZNIEFF. Cette base de connaissance, associée aux contours, sert de base de hiérarchisation des enjeux du patrimoine naturel, permet d'améliorer leur prise en compte avant tout projet, mais aussi d'améliorer la détermination de l'incidence des aménagements sur ces milieux et enfin d'identifier les nécessités de protection de certains espaces fragiles. Les zones de type I sont des secteurs d'une superficie limitée, caractérisés par la présence d'espèces et de milieux rares, remarquables ou caractéristiques du patrimoine naturel régional ou national. Ces zones sont particulièrement sensibles aux équipements ou aux transformations, même limitées.

La couche rassemble les données de mares produites historiquement dans le cadre du Programme d’actions en faveur des mares de Franche-Comté et administrées dans le cadre du Pôle Milieux humides Bourgogne-Franche-Comté. La définition retenue d’une mare est « petite étendue d’eau stagnante, permanente ou temporaire, d'une surface de 5 à 2 000 m2 et d’une profondeur comprise entre 20 cm et 2 mètres, sans système de contrôle du niveau d'eau » Cet inventaire n’est pas exhaustif et les éléments localisés n’ont pas tous bénéficié d’une authentification de terrain.

La table contient les contours des Zones Naturelles d'Intérêt Faunistique et Floristique (ZNIEFF) de type II de 2ème génération en Franche-Comté. L'inventaire des ZNIEFF Franc-Comtoises est entièrement validé. Les dernières validations régionale (par le Conseil Scientifique Régional du Patrimoine Naturel) et nationale (par le Muséum National d'Histoire Naturelle de Paris) datent respectivement du 11/12/2014 et du 06/02/2015. L'inventaire des ZNIEFF est un programme d''inventaire naturaliste et scientifique lancé en 1982 par le ministère Bouchardeau chargé de l’environnement et confirmé par la loi du 12 juillet 1983 dite Loi Bouchardeau. Une ZNIEFF ne constitue pas une mesure de protection réglementaire mais un inventaire. Il correspond au recensement d'espaces naturels terrestres, fluviaux et marins remarquables (métropole et départements d'outre mer). La désignation d'une ZNIEFF repose sur la présence d'espèces ou d'associations d'espèces à fort intérêt patrimonial régional ou national. Ces données naturalistes sont de plus cartographiées via les contours des ZNIEFF. Cette base de connaissance, associée aux contours, sert de base de hiérarchisation des enjeux du patrimoine naturel, permet d'améliorer leur prise en compte avant tout projet, mais aussi d'améliorer la détermination de l'incidence des aménagements sur ces milieux et enfin d'identifier les nécessités de protection de certains espaces fragiles. Les zones de type II correspondent à de grands ensembles naturels homogènes (massif forestier, vallée, plateau, etc.) riches et peu modifiés, ou qui offrent des potentialités biologiques importantes. Dans ces zones, il importe de respecter les grands équilibres écologiques, en tenant compte, notamment, du domaine vital de la faune sédentaire ou migratrice.