Le Système d'analyse in situ (ISAS) a été développé pour produire des champs de température et de salinité qui préservent autant que possible les capacités d'échantillonnage du temps et de l'espace du réseau des flotteurs ARGO. Depuis la première analyse globale réalisée en 2009, le système a été étendu pour tenir compte de tous les types de profils verticaux ainsi que les séries temporelles. Les champs grillé ISAS sont entièrement basés sur des mesures in situ. Le système vise à surveiller l'évolution des propriétés de l'océan en fonction du temps pour les études climatologiques et permettre un calcul facile des indices climatiques. Un traitement en temps différé de l'ensemble de données 2002-2012 a été réalisé à l'aide de la version 6 d'ISAS et la mise à jour des statistiques pour produire l'analyse ISAS-13. Notez que ISAS-V6 est mis en œuvre comme outil d'analyse opérationnelle au centre de données Coriolis depuis juin 2014.

Archives nationales (SISMER) de séries temporelles de courantomètres.

Données brutes de magnétisme archivées au SISMER, acquises à bord de la flotte océanographique civile française.

Données CTD collectées lors des campagnes océanographiques françaises ou de projets conjoints.

Données de surveillance des herbiers à Posidonia oceanica en Méditerranée entre 2007 et 2012. Deux niveaux font l'objet de mesures et de prélèvements sur les lieux de surveillance : 15 m de profondeur et la limite inférieure de l'herbier. Les données renseignent sur le stade de maturation des feuilles, la densité (dénombrements de faisceaux vivants dans un quadrat de 40x40cm), la longueur des feuilles et bases foliaires, la largeur des feuilles et l'état de leur extrémité, ainsi que la biomasse des faisceaux foliaires et des épibiontes. Pour la limite inférieure de l'herbier, les données de suivi renseignent également sur sa profondeur (en mètre) et son type (régressive, progressive, ou franche).

Volet de réseau national REMI (Réseau de Contrôle Microbiologique), anciennement REMIC jusqu'en avril 2011. Ces données concernent la surveillance microbiologique régulière des zones de production conchylicoles afin de vérifier que le niveau de contamination, sur la base du dénombrement des Escherichia coli, reste conforme au classement (A, B et C) défini dans les arrêtés préfectoraux.

Réseau national de surveillance de l'état de santé des peuplements de mollusques sur les gisements naturels ou dans les zones de production conchylicole. Il assure une mission réglementaire et une activité de service public déléguée par le Ministère de l'agriculture et de la pêche à travers la DGAL (Direction générale de l'alimentation).

Création en 2015, faisant suite au RESCO mis en place en 2009, et au REMORa mis en place en 1993. En 2015, la structure et le fonctionnement de l’ancien réseau RESCO a été utilisée afin d’appliquer une surveillance planifiée sur les huîtres creuses. Plus précisément, les lots sentinelles utilisés par le réseau, représentant 3 classes d’âge (6 mois, 18 mois conservés de l’année précédente et 30 mois conservés de l’année précédente) sont suivis régulièrement (fréquence bi-mensuelle à mensuelle) tout au long de l’année sur 12 sites ateliers nationaux (correspondant aux sites anciennement RESCO). Lors de chaque passage, des dénombrements sont effectués afin d’évaluer le taux de mortalité, et différents types d’analyses diagnostiques de laboratoire seront réalisés : - au temps initial, les nouveaux lots de naissain (Naissains Standardisés Ifremer) subiront des analyses spécifiques par PCR afin de rechercher les agents infectieux potentiellement présents (OsHV-1 et Vibrio aestuarianus) mais aussi des analyses non spécifiques (histologie, bactériologie classique ) pour la détection éventuelle d’autres agents pathogènes - pour la détection de maladies émergentes, les premiers lots moribonds détectés pour chaque classe d’âge, pour chaque site, subiront des analyses diagnostiques de laboratoire spécifiques (PCR OsHV-1 et Vibrio aestuarianus) et non spécifiques (histologie) afin de déceler le plus précocement possible d’éventuelles maladies émergentes sur ces lots sentinelles - pour la détection de maladie exotique, en l’absence de hiérarchisation des maladies exotiques des huîtres creuses disponible, le parasite Mikrocytos mackini a été choisi pour être surveillé car l’infection par ce parasite est réglementée au niveau européen, sur l'un des sites du RESCOII (Loix en Ré) identifié préalablement comme un site à risque vis à vis de l'introduction de ce parasite. Parallèlement à ces suivis de mortalités et ces analyses diagnostiques de laboratoire, chaque site est équipé de sonde permettant l’acquisition de paramètres environnementaux (température, pression, salinité) à haute fréquence. Les différents résultats sont bancarisés dans la base Quadrige², et sont disponibles pour les différents acteurs concernés. Le réseau est adossé à un site internet dédié permettant la diffusion des objectifs, des protocoles et des résultats, et sera mis à jour tous les mois. Parallèlement, des bulletins d’information synthétisant les résultats obtenus sont diffusés par mail tous les mois aux services de l’Etat.

Réseau de surveillance des phycotoxines dans les organismes marins (REPHYTOX) assure des prélèvements de coquillages dans un réseau de lieux de prélèvement répartis sur l’ensemble du littoral (environ 250 lieux potentiellement mobilisables). Les lieux de prélèvement REPHYTOX peuvent être communs avec des lieux REPHY. Les prélèvements peuvent concerner divers types de coquillages, en gisements naturels ou bien élevés selon des modes variés (bouchots, filières, tables, etc.). En tout état de cause, l’association entre lieux REPHYTOX et un certain nombre de lieux REPHY est étroite, les résultats REPHY pouvant déterminer le déclenchement de la recherche de toxines sur les lieux REPHYTOX de la zone. Ce jeu présente plusieurs fichiers de paramètres mesurés pour des types de toxines distincts entre 2006 et 2016 sur les lieux de surveillance : toxines amnésiantes (REPHYTOX-ASP) ; toxines paralysantes (REPHYTOX-PSP) ; et toxines lipophiles (REPHYTOX_LIP_AC et BE) avec les résultats des bio-essais (BE) et analyses chimiques (AC depuis 2010). A chaque paramètre de concentration mesuré sont associés le lieu de prélevement de l'échantillon, la date, le support, la fraction et la méthode utilisée.

Le produit Surval "Inventaire des lieux actifs" présente l’inventaire des lieux programmés actuellement pour un suivi. Ils donnent donc accès à la programmation des réseaux (un lieu dont la période d’activité dans Quadrige inclue la date du jour est considéré actif pour le programme). Pour accéder aux données d'observation, il faut passer par les lieux du produit Surval 'Données par paramètre". Le réseau national (REMI) comprend un dispositif de surveillance régulière et un dispositif d'alerte : - Le dispositif de surveillance régulière vérifie que le niveau de contamination microbiologique de chaque zone de production reste conforme au classement défini dans les arrêtés préfectoraux et dépistent les épisodes inhabituels de contamination. - Le dispositif d'alerte est déclenché par les résultats de la surveillance qui dépassent ou risquent de dépasser les normes définissant les classes de qualité, ou en cas de risque de contamination (rejet polluant, orage), voire d'épidémie constatée ou présumée d'origine coquillière.