Le substrat est cartographié à partir de la granulométrie de 31 des 36 lagunes méditerranéennes françaises classées "Masses d'eau de transition" au titre de la DCE. Cette carte est issue de la compilation et traitement des données stationnelles disponibles.

La zone biologique est cartographiée via le pourcentage de lumière disponible au fond sur 32 des 36 lagunes méditerranéennes françaises classées "Masses d'eau de transition" au titre de la DCE. La lumière disponible est calculée à partir de la profondeur et du coefficient d'atténuation de la lumière dans l'eau sur la période printemps-été 2012-2017.

L’état trophique est cartographié d'après l’indicateur de qualité physico-chimique qui constitue un paramètre de soutien de la DCE. Il s’appuie sur les paramètres clés de l’eutrophisation, l’azote total (Nt), le phosphore total (Pt), l’azote inorganique dissou (NID) et le phosphore inorganique dissout (PID). La carte concerne les 36 lagunes méditerranéennes françaises classées "Masses d'eau de transition" au titre de la DCE sur la période estivale 2012-2017.

Le critère Biologie intègre uniquement les données Macrophytes par manque de connaissance et de données sur les autre compartiments. La carte concerne 33 des 36 lagunes méditerranéennes françaises classées "Masses d'eau de transition" au titre de la DCE. La données est hiérarchisée en 3 sous-niveaux successifs permettant de caractériser l'abondance de végétation puis le groupe taxonomique dominant et enfin le peuplement en cas de végétation mixte.

L'hydrodynamisme est cartographié via la tension de cisaillement au fond sur 31 des 36 lagunes méditerranéennes françaises classées "Masses d'eau de transition" au titre de la DCE. Elle est approximée à partir de la profondeur, de la distance à la côte et de la direction moyenne et intensité moyenne du vent la période printemps-été 2012-2017.

Typologie de l'habitat (donnée de synthèse) obtenue à partir de données issues de l'analyses d'images sous-marines collectées à l'aide du système STAVIRO (Caméra vidéo rotative) au cours du projet AMBIO

Un inventaire des bancs de maerl, algues rouges marines Corallinacées à thalles calcifiés arbusculaires et non fixés, est réalisé dans les Pertuis Charentais grâce à la compilation de données historiques et de nouvelles observations sur la période 2006-2012. L’emprise géographique de l’inventaire englobe les Pertuis Breton, d’Antioche et de Maumusson, s’étend de l’estuaire du Lay au Nord à la baie de Marennes-Oléron au Sud et inclut les pourtours des îles de Ré, d’Oléron et d’Aix. Sont contributrices à cet inventaire, les prospections DCE 2006, les contrôles de surveillance DCE 2007 à 2012 sous l’égide d’Ifremer et des Agences de l’Eau Loire-Bretagne et Adour-Garonne, les prospections réalisées pour le Port Atlantique La Rochelle sur le site de dépôts de dragage du Lavardin de 2007 à 2012, les prospections 2007 FONSOLE d’Ifremer et les prospections d’Ifremer et du laboratoire LIENSs en vue de cartographier les stocks de crépidules en mer des Pertuis Charentais. S’ajoutent des prospections spécifiques réalisées en 2011 à bord du navire Estran par benne sur les fonds sédimentaires infralittoraux du Pertuis Breton et par cadrat en zone intertidale en 2012 sur les pourtours des îles de Ré, d’Oléron et le long des falaises d’Aytré. Le positionnement des stations de vérité terrain ont eu lieu par relevés GPS ou dGPS. Repéré initialement par des prélèvements à la benne en octobre 2009 lors de la validation de prospections sonar pour individualiser les stocks de crépidules, un banc de maerl vif est cartographié en juillet 2011 en rade de Saint-Martin dans le Pertuis Breton. Sa superficie est estimée à plus de 2 km². Des prospections pedibus jambi réalisées à la pointe du Grouin et à Saint-Martin de Ré ont permis de confirmer la présence de maerl vif épars sur le bas des estrans. Cela suggère un éparpillement des thalles de maerl vif sur plusieurs dizaines de km² autour du banc principal de Saint-Martin. Est aussi confirmé l’unique relevé algologique de Phymatolithon calcareum fait au début du XXème siècle à Saint-Martin de Ré par Dollfus, probablement déjà en bas d’estran comme observé en 2012 à proximité de la balise du Couronneau. De très nombreux thalles de maerl mort en voie de diagénèse ont aussi été observés dans l’Est et le Sud-Est des Pertuis Breton et d’Antioche suggérant des apports par transports passifs issus de bancs vivants situés plus à l’Ouest, y compris dans le Pertuis d’Antioche. La présence de maerl vif sur le bas des estrans est en effet connue très ponctuellement dans l’Ouest des îles d’Oléron (Pointe de Chassiron) et de Ré (Phare des Baleines) via des relevés algologiques et faunistiques récents. Sur le plan biogéographique, le banc de maerl du Pertuis Breton est le plus oriental et le plus méridional de ceux connus dans le Golfe de Gascogne. Les bancs de maerl connus les plus proches sont respectivement situés à Noirmoutier (baie de Bourgneuf) et en Galice (Espagne). Ces observations complètent l’atlas cartographique des populations de maerl en Europe édité sous l’égide de la convention OSPAR. Elles apportent une base de connaissances pour les futures actions de conservation à définir localement dans le contexte Natura 2000 en mer du Parc Naturel Marin de l’estuaire de la Gironde et des Pertuis charentais.

Couche de points représentant les observations d'habitats vulnérables des fonds durs des mers celtiques et du Golfe de Gascogne depuis le début du XXème siècle.

Couche de points représentant les observations d'habitats vulnérables des fonds meubles des mers celtiques et du Golfe de Gascogne depuis le début du XXème siècle.