Depuis 2001, une évaluation annuelle des stocks de palourdes japonaise (Ruditapes philippinarum) et croisée d'Europe (Ruditapes decussatus) est réalisée en mars dans le golfe du Morbihan et la rivière Noyalo. Les objectifs de cette enquête sont : 1) l'estimation par évaluation directe, de la biomasse du stock et de sa répartition géographique; 2) estimer la biomasse exploitable et le potentiel d'exploitation des sites échantillonnés en particulier, dans les zones réservées à la pêche professionnelle; 3) établir un diagnostic, avec une vision à moyen terme, sur l'état du stock; 4) proposer la mise en œuvre de mesures de gestion appropriées. Deux campagnes ont également été réalisées en 1996 et 1997.

Ces campagnes qui ont eu lieu sur la Thalia, ont pour but d’évaluer l’abondance du stock de coquilles Saint-Jacques dans les Pertuis Charentais.

Les campagnes COMOR, qui ont eu lieu sur la Thalia, ont pour but d'évaluer l'abondance du stock de coquilles Saint-Jacques (et le cas échéant de déterminer la présence d'une algue toxique) en baie de Seine.

Le projet NourDem vise à réaliser des campagnes annuelles de chalutage dans les trois estuaires de la Seine, de la Loire et de la Gironde.

Dans le cadre de la mise en oeuvre du programme de surveillance de la directive cadre stratégie pour le milieu marin (DCSMM), le suivi des poissons et céphalopodes démersaux des milieux meubles côtiers a été jugé prioritaire. Des campagnes annuelles d'observation des nourriceries côtières sur fonds meubles ont été menées par le Laboratoire Halieutique Méditerranée de la station Ifremer de Sète. Les objectifs de ces campagnes sont : 1. Évaluer par chalutage la densité, la biomasse et la distribution des poissons et des céphalopodes et en particulier les juvéniles benthiques et démersaux (rougets, grondins,). Pour cela, une centaine de chalutages standardisés ont été menés sur l’ensemble de la bande côtière du Golfe du Lion située entre 5m et 40m de profondeur. 2. Mesurer systématiquement la taille des individus collectés de façon à caractériser l’importance de la fonction nourriceries dans les zones observées et mieux comprendre la dynamique de population des espèces locales. 3. Mieux connaitre l'écosystème des zones côtières en identifiant systématiquement l’ensemble des espèces rencontrées (y compris les invertébrés benthiques et pélagiques autres que poissons et céphalopodes), des macro-déchets observés et en caractérisant leurs habitats hydrologiques (CTD, oxygène, fluorescence, pH, turbidité,…).

Les 62 campagnes RESSGASC permettent l'évaluation trimestrielle des quantités de diverses espèces (merlu, sole, langoustine, etc.) rejetées par les navires de pêche (individus n'ayant pas atteint la taille légale de débarquement). Ces informations, ainsi que les données collectées à partir de la structure démographique des débarquements (à l'aide d'échantillons provenant des criées), sont essentielles pour l'évolution des stocks de poissons commerciaux.

L'objectif de cette campagne qui se déroule en Manche - Baie de somme depuis 1980, sur 5 jours en septembre, est d'évaluer les fluctuations naturelles pluriannuelles des peuplements et d'analyser l'incidence éventuelle de la centrale nucléaire sur le milieu marin et les ressources. Elle permet de déterminer des indices annuels d'abondance et une répartition des poissons plats et autres espèces (crevettes grises, tacauds, merlan).

Acquisition de données et connaissances pour l’élaboration d’aides à la Gestion Intégrée des Populations de Bar de l’Atlantique du Nord-Est.

La campagne annuelle d'évaluation des ressources halieutiques PELMED (PELagiques MEDiterranée) est menée par le Laboratoire Halieutique Méditerranée de la station Ifremer de Sète. Les objectifs de ces campagnes sont : 1. Évaluer la biomasse des petits pélagiques (anchois, sardines) par méthode directe. Pour cela, la campagne doit alterner entre prospection acoustique et chalutages d'identification. Un signal acoustique est envoyé depuis un sondeur fixé sous le navire et chaque fois qu'il rencontre le fond ou des bancs de poissons, il est réfléchi et retransmis aux sondeurs. Ainsi, on peut observer en continu la forme et l'intensité de ces échos qui matérialisent les bancs de poissons. Des chalutages d'identification des espèces sont effectués afin de définir la proportion des espèces présentes dans les échos détectés. 2. Collecter le plus grand nombre de paramètres biologiques possible sur les espèces cibles de petits pélagiques (anchois, sardines, sprats) pour mieux comprendre la dynamique de population de ces espèces. Pour cela, des mesures morphométriques, ainsi que la détermination du sexe et du stade de maturité des poissons sont réalisées. Enfin, des otolithes sont prélevés afin de pouvoir déterminer l'âge des poissons. Ces paramètres biologiques sont très importants pour compléter l'évaluation de biomasse et avoir une meilleure compréhension des processus sous-jacents à la variabilité de ces populations. Cela permet par exemple de déterminer la structure en âge ou en taille des populations, d'avoir une idée de leurs réserves énergétiques, etc. 3. Mieux comprendre l'écosystème pélagique dans son ensemble, du plancton aux prédateurs supérieurs. La campagne PELMED a pour but premier d'évaluer les stocks de petits pélagiques, mais elle s'attache également à accumuler le plus de données possible sur les différents compartiments de l'écosystème pélagique, allant des paramètres physiques (température, salinité) aux prédateurs supérieurs (mammifères marins, oiseaux), en passant par les différents niveaux trophiques inférieurs (phyto- et zooplancton, poissons petits pélagiques). Ainsi, après chaque chalutage, une station hydrologique est réalisée avec la mesure de la température et de la salinité le long de la colonne d'eau via une CTD, des prélèvements d'eau et de phytoplancton avec une bouteille Niskin et des prélèvements de zooplancton à l'aide d'un trait vertical de WP2. Enfin, tout au long de la campagne nous réalisons l'observation et le comptage des oiseaux et mammifères marins. En plus de la compréhension de l'écosystème, ceci devrait permettre de fournir un certain nombre d'indicateurs nécessaires au suivi du milieu marin dans le cadre de la DCSMM (Directive Cadre sur le Milieu Marin).

Dans le cadre de l’implantation d’une centrale électronucléaire sur le littoral de la commune de Flamanville, Electricité de France a confié à l’Ifremer les études écologiques et halieutiques aux abords du site. L’une des expertises consiste à réaliser chaque année deux campagnes de pêche des crustacés. Leurs objectifs est le suivi des fluctuations naturelles des principaux indicateurs retenus lors de la mise en route de la centrale et d’évaluer l’impact de celle-ci sur la pêcherie environnante.