Le critère Biologie intègre uniquement les données Macrophytes par manque de connaissance et de données sur les autre compartiments. La carte concerne 33 des 36 lagunes méditerranéennes françaises classées "Masses d'eau de transition" au titre de la DCE. La données est hiérarchisée en 3 sous-niveaux successifs permettant de caractériser l'abondance de végétation puis le groupe taxonomique dominant et enfin le peuplement en cas de végétation mixte.

Le substrat est cartographié à partir de la granulométrie de 31 des 36 lagunes méditerranéennes françaises classées "Masses d'eau de transition" au titre de la DCE. Cette carte est issue de la compilation et traitement des données stationnelles disponibles.

L’état trophique est cartographié d'après l’indicateur de qualité physico-chimique qui constitue un paramètre de soutien de la DCE. Il s’appuie sur les paramètres clés de l’eutrophisation, l’azote total (Nt), le phosphore total (Pt), l’azote inorganique dissou (NID) et le phosphore inorganique dissout (PID). La carte concerne les 36 lagunes méditerranéennes françaises classées "Masses d'eau de transition" au titre de la DCE sur la période estivale 2012-2017.

La zone biologique est cartographiée via le pourcentage de lumière disponible au fond sur 32 des 36 lagunes méditerranéennes françaises classées "Masses d'eau de transition" au titre de la DCE. La lumière disponible est calculée à partir de la profondeur et du coefficient d'atténuation de la lumière dans l'eau sur la période printemps-été 2012-2017.

L'hydrodynamisme est cartographié via la tension de cisaillement au fond sur 31 des 36 lagunes méditerranéennes françaises classées "Masses d'eau de transition" au titre de la DCE. Elle est approximée à partir de la profondeur, de la distance à la côte et de la direction moyenne et intensité moyenne du vent la période printemps-été 2012-2017.

Typologie de l'habitat (donnée de synthèse) obtenue à partir de données issues de l'analyses d'images sous-marines collectées à l'aide du système STAVIRO (Caméra vidéo rotative) au cours du projet AMBIO

L’analyse porte sur le suivi des peuplements d'invertébrés benthiques des masses d'eaux côtières et de transition de la frontière Belge à la Baie de Somme et l'évaluation de leur qualité biologique. Les macroinvertébrés benthiques constituent en effet d'excellents intégrateurs et indicateurs de l'état général du milieu et peuvent permettre notamment, grâce à certains organismes sensibles, d'identifier et de quantifier les pressions d'origine anthropique qui s'exercent sur ces masses d'eau. Les paramètres de l'élément de qualité "invertébrés benthiques" permettant de définir l'état biologique sont : - le niveau de diversité et d'abondance des taxa ; - tous les taxa sensibles aux perturbations. La qualité des peuplements de macroinvertébrés est évaluée avec prise en compte des peuplements subtidaux et intertidaux. L’évaluation la plus récente de l’état de ces peuplements est présentée dans l’atlas DCE Artois-Picardie. Les états antérieurs sont accessibles dans des archives annuelles

Les stocks (abondance et biomasse) de la crépidule Crepidula fornicata Linné, 1758 sur les petits fonds des Pertuis Charentais ont été estimés en 2011 et cartographiés (Sauriau et al., 2011). L’emprise de l’estimation comprend le Pertuis Breton, la partie Est du Pertuis d’Antioche, la presqu’île de Fouras et la baie de Marennes-Oléron où pour cette dernière baie des estimations antérieures sont disponibles. Les contours et superficies des bancs de crépidules ont été déterminés préalablement par imagerie acoustique réalisés à bord de la VO/Haliotis en 2008 et 2009, interprétés puis validés par des prélèvements ponctuels en 2009 (Curti, 2009). L’échantillonnage des stocks de 2011 s’appuie sur un échantillonnage aléatoire stratifié de 40 bancs avec une répartition proportionnelle de l’effort d’échantillonnage de 200 stations entre les bancs. Sont répertoriés pour chaque banc les stocks de crépidules (abondance en million, biomasse en tonne) aussi bien vivantes que mortes, ces dernières coquilles pouvant servir de support potentiel à de nouvelles colonisations.

Couche de points représentant les observations d'habitats particuliers des mers celtiques et du Golfe de Gascogne depuis le début du XXème siècle.